Né dans une illustre famille neuchâteloise, Pierre Bovet parachève ses études à l'Ecole des hautes études à Paris et soutient son doctorat en philosophie en 1902 à Genève. Il est nommé professeur ordinaire de philosophie et pédagogie à l'Académie de Neuchâtel, avant d'être appelé à la direction de l'Institut Jean-Jacques Rousseau, en 1912.

Devenu professeur ordinaire de sciences de l'éducation et de pédagogie expérimentale à la Faculté des lettres de l'Université de Genève en 1920, cet esprit irénique et ouvert est une figure importante dans le mouvement international de la Ligue pour l'éducation nouvelle.

Cofondateur avec Adolphe Ferrière et Edouard Claparède du Bureau international d'éducation qui œuvre pour la défense de la paix. Lors d'un voyage en Inde, il rencontre le chantre de la non-violence active, le Mahatma Gandhi.

Éditeur infatigable, il est tour à tour fondateur et directeur de la Collection d'actualités pédagogiques dès 1909, collaborateur des Archives de psychologie, rédacteur de L'Intermédiaire des éducateurs, puis de L'Educateur, et fondateur et responsable des Cahiers de psychologie appliquée et de pédagogie expérimentale. Outre de très nombreux articles, il a notamment publié L'instinct combatif (1917), Le Sentiment religieux et la psychologie de l'enfant (1925) et Les examens de recrues dans l'armée suisse, 1854-1913.