Depuis sa création en 1821, Perly faisait partie, comme' Onex, de la paroisse de Confignon dont elle partageait les frais à raison d'un tiers, pour l'entretien de l'église et du cimetière. En 1869, le cimetière commun devait être agrandi. Les Perlysiens voulant éviter des frais à leurs partenaires, proposèrent de créer leur propre cimetière avec une chapelle funéraire. En 1870, le projet fut réalisé. La chapelle fut édifiée en face de l'école primaire (actuellement occupée par le jardin d'enfants "Les Moustiques") et le cimetière mis à son emplacement actuel Les paroissiens ne jouirent pas très longtemps du nouvel édifice, puisque suite au Kulturkampf, la chapelle fut ôtée au culte catholique-romain( comme toutes les autres églises du canton) et resta fermée, faute de "clients" pour le nouveau culte imposé par l'Etat. En juin 1886, on pensa même à l'utiliser comme préau couvert pour l'école enfantine! Rendu au culte romain en 1893, ses tribulations ne cessèrent pas pour autant. En effet, l'Etat exigeant la création d'une nouvelle classe enfantine, elle fut démolie en 1899 pour laisser la place à un nouveau bâtiment, celui de la Mairie actuelle. On lui trouva un nouvel emplacement un peu plus loin, au bord de la route de Certoux, là où elle se trouve encore de nos jours Les anciens racontent que ce sont les paroissiens eux-mêmes qui la rebâtirent pierre par pierre. Désaffectée dans les années 1970 suite à la construction d'une nouvelle chapelle plus vaste, elle abrite depuis le local des aînés au rez, ainsi que celui des ados, à l'étage.